提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
马来西亚世纪大学师生庆新春 中国驻马大使出席******
中新网吉隆坡2月3日电 (陈悦 魏源)马来西亚世纪大学2日举办农历新年庆祝活动。中国驻马来西亚大使欧阳玉靖出席活动。
中国驻马来西亚大使馆参赞赵向东、世纪学院集团首席执行官刘嘉慧女士、世纪大学校长阿兹林博士、副校长斯里库玛博士、孔子学院中外方院长以及学校师生、马各界代表近300人也参加了当日的活动。在活动中,欧阳大使与校方代表共同体验了本地新年特色文化“捞生”,走访了由世纪大学孔子学院组织策划的中国传统文化展台,慰问了中国留学生代表及孔子学院教师和志愿者。
欧阳大使(前左一)体验投壶 魏源 摄欧阳大使在当日活动上致辞,向全校师生致以新春问候和美好祝福,并对世纪大学成功举办农历新年庆祝活动表示祝贺。他感慨春节期间吉隆坡的大街小巷热闹非凡,不光马来西亚华人在庆祝春节,其他各族人民也在分享节日的喜悦,并对马来西亚对多元族群、多元文化的包容并蓄表示赞叹。
欧阳大使指出,刚刚过去的2022年中马两国携手克服疫情影响,经贸合作实现历史性突破,教育交流合作扎实推进,人民友好进一步升华。深化中马各领域合作、增进中马民间友好,不仅是两国领导人的殷切期冀,也是两国各界的共同心声。由世纪大学和海南师范大学共同举办的“中马大学生汉语辩论赛”就是两国加强教育交流合作、促中马民心相通的最佳事例。欧阳大使期待马来西亚青年学子用好孔子学院、“中马大学生汉语辩论赛”等与中国青年增进了解、共同进步的平台,让中马两国的友谊在青年一代的交流互鉴中传承发扬。
欧阳大使(左四)和世纪大学校方负责人共同体验捞生 使馆供图欧阳大使向阿兹林校长赠送《习近平总书记教育重要论述讲义(英文版)》并表示,2023年使馆将继续深化两国教育交流合作,加强青年交流互鉴,促进两国人民传承友好。
刘嘉慧表示,世纪大学每年都会举办农历新年庆祝活动,感谢中国驻马来西亚大使馆对本次活动的大力支持。世纪大学与中国海南师范大学合作成立的世纪大学孔子学院于2015年揭牌,学院成立以来在推动中文教育、促进马中文化交流、培养马中双语人才等方面成效显著。学校高度重视“中马大学生汉语辩论赛”,今年将继续做好有关赛事活动,进一步加强与中方院校的交流合作,促进马中青年学生相互了解、相互学习。(完)
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